Fue la temporada 1999/00 la última que disputó el filial rojiblanco en la categoría de plata del fútbol español

Salvó la categoría, pero se vio abocado al descenso tras el inesperado tropiezo de los mayores que bajaron a Segunda arrastrando a los cachorros atléticos a una categoría más abajo (la Segunda B).

Ese Atlético de Madrid B, que jugaba como local en El Cerro del Espino, contaba con jugadores en proyección que tiempo después llegaron a jugar con el primer equipo, sobre todo al año siguiente en Segunda División. El mediocentro Cubillo, el habilidoso zurdito Luque o el contenedor Zahínos aprovecharon la presencia del Atleti en una categoría desconocida por ellos para tener minutos.

Además Ivo o Diego Rivas jugaron con los mayores pero ya en Primera. Completaban el grupo jugadores que jugaron en equipos de máximo nivel como Casquero, Kome o Nano Rivas que pasaron años con el Getafe en la Primera División.

Ni rastro de la Segunda 25 años después

El filial colchonero no ha vuelto a esta categoría 25 años después de perderla de manera injusta, ya que deportivamente salvó el año con dos puntos sobre la zona de descenso que marcó el Getafe. 15 años consecutivos en Segunda B hasta que bajó a Tercera (la 2014/15) para dos años después regresar al tercer eslabón del fútbol profesional.

Con la restructuración de las categorías con la llegada de la Pandemia, el equipo baja de nuevo a la 3ª RFEF, para en dos años y de la mano del entrenador Tevenet llegar a la 1ª RFEF. Categoría que este año ha mantenido holgadamente acabando en el noveno puesto del Grupo 2 con 53 puntos.

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